Посты с тэгом биотехнологии


[Перевод] Визуализация и анализ белков в Biopython

Биология человека – невероятно сложная наука. Даже учитывая, что с каждым годом мы открываем всё больше секретов человеческого тела, получаемые нами ответы порождают всё большее количество вопросов. Завершение проекта "Геном человека" придало многим учёным уверенность в том, что с помощью геномики человечество сможет решить важные биологические проблемы. Однако, чем больше биологических тайн мы раскрываем, тем более отчётливо понимаем, что на использование генома организма влияют другие факторы. Соответственно, для решения задач в этих взаимосвязанных областях, в том числе транскриптомике (изучение мРНК) и протеомике (изучение белков) были созданы новые направления научных исследований, в которых начали использовать Python.

Сегодня, специально к старту новых потоков на курсы Python для анализа данных,



[Из песочницы] Генетический алгоритм на Python для поиска глобальных экстремумов

Предыстория


Недавно в рамках учебной деятельности мне понадобилось использовать старый добрый генетический алгоритм в целях поиска минимума и максимума функции от двух переменных. Однако, к моему удивлению, на просторах интернета не нашлось подобной реализации на питоне, а в википедии в статье по генетическому алгоритму именно этот раздел не освещен.



И поэтому я решил написать свой небольшой пакет на Python с наглядной визуализацией алгоритма, по которой будет удобно настраивать этот алгоритм и искать тонкости выбранной модели.

В этой небольшой статье я хотел бы поделиться процессом, наблюдениями и итогами.
Читать дальше →


[Перевод] Разработка белков в облаке с помощью Python и Transcriptic или Как создать любой белок за $360

Что, если у вас идея для классного, полезного белка, и вы хотите получить его в реальности? Например, хотите создать вакцину против H. pylori (как словенская команда на iGEM 2008), создав гибридный белок, который сочетает фрагменты флагеллина E. coli, стимулирующие иммунный ответ с обычным флагеллином H. pylori?


Дизайн гибридного флагеллина вакцины против H. pylori, представленный командой Словении на iGEM 2008

Удивительно, но мы очень близки к тому, чтобы создать любой белок, какой хотим, не выходя из блокнота Jupyter, благодаря последним разработкам в геномике, синтетической биологии и совсем недавно — в облачных лабораториях.

В этой статье я покажу код Python от идеи белка до его экспрессии в бактериальной клетке, не прикасаясь к пипетке и не разговари