Посты с тэгом биотехнологии


[Из песочницы] Генетический алгоритм на Python для поиска глобальных экстремумов

Предыстория


Недавно в рамках учебной деятельности мне понадобилось использовать старый добрый генетический алгоритм в целях поиска минимума и максимума функции от двух переменных. Однако, к моему удивлению, на просторах интернета не нашлось подобной реализации на питоне, а в википедии в статье по генетическому алгоритму именно этот раздел не освещен.



И поэтому я решил написать свой небольшой пакет на Python с наглядной визуализацией алгоритма, по которой будет удобно настраивать этот алгоритм и искать тонкости выбранной модели.

В этой небольшой статье я хотел бы поделиться процессом, наблюдениями и итогами.
Читать дальше →


[Перевод] Разработка белков в облаке с помощью Python и Transcriptic или Как создать любой белок за $360

Что, если у вас идея для классного, полезного белка, и вы хотите получить его в реальности? Например, хотите создать вакцину против H. pylori (как словенская команда на iGEM 2008), создав гибридный белок, который сочетает фрагменты флагеллина E. coli, стимулирующие иммунный ответ с обычным флагеллином H. pylori?


Дизайн гибридного флагеллина вакцины против H. pylori, представленный командой Словении на iGEM 2008

Удивительно, но мы очень близки к тому, чтобы создать любой белок, какой хотим, не выходя из блокнота Jupyter, благодаря последним разработкам в геномике, синтетической биологии и совсем недавно — в облачных лабораториях.

В этой статье я покажу код Python от идеи белка до его экспрессии в бактериальной клетке, не прикасаясь к пипетке и не разговари